| 13:00〜13:10 |
| 開催のあいさつ |
国立遺伝学研究所
生命情報・DDBJ研究センター
菅原秀明 |
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| 13:10〜13:40 |
相互運用性を向上させるサービス構築用テンプレートの開発
WEBサービス構築手順(QuickTime, テキスト)
構築ファイル一式 |
東京大学医科学研究所
ヒトゲノム解析センター
ゲノムデータベース分野
片山俊明 |
| 現在、バイオインフォマティクス分野ではワークフロー統合の試みが進められているが、サービス自体の不足から、ほとんどの処理をウェブサービスだけでまかなえる状況にはまだなっていない。一方で、新規にサービスを立ち上げる場合、最初から相互運用性を見据えた設計を行うには少々ノウハウが必要である。そこで、サービス構築用のテンプレートを開発し、ドキュメントとともに公開・提供するプランを検討したい。。 |
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| 13:40〜14:10 |
| Web Services at the Protein Data Bank Japan (PDBj) |
PDBj, Osaka Univ.
Daron. M. Standley |
As a member of the World Wide Protein Databank, the mission of PDBj is to offer a uniform archive of macromolecular structural data to the global community. Beyond this basic function, PDBj provides an array of web services and derived databases. These include text-based query services, such as the XML-based protein structure search service (xPSSS), as well as analog query services, such as Structure Navigator and eF-Seek. Due to their computational complexity, the latter two services are deployed on a GRID architecture. Examples will be given of how, together, these tools aid our understanding of protein function and evolution.
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| 14:10〜14:40 |
| Kazusa API - ウェブサービスAPIを中規模公開データベースに追加する事例として |
かずさDNA研究所
中尾光輝 |
| かずさディー・エヌ・エー研究所で公開されているゲノム配列やゲノムアノテー
ションなどのリソースの、所内／所外からの再利用性を向上する目的でウェブ
サービスAPIを開発している。公開データベースへのウェブサービスの付加の事
例として述べたい。 |
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| 14:40〜15:10 |
| Tavernaを用いたワークフロー構築 |
富士通株式会社
重元康昌 |
| 日本DNAデータバンク（DDBJ）では塩基配列をはじめとするデータベースの検索システムや解析システムをWEBサービスで公開してきた。さらにそれらの部品を組み合わせてさまざまなワークフローを開発してきた。
今回はワークフローエディタであるTavernaとDDBJのWEBサービスを用いたワークフローの構築方法を紹介する。
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| 15:10〜15:30 |
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| 15:30〜16:00 |
| 知識メディア技術を用いたWeb情報のアドホックな連携統合 |
北海道大学
知識メディア・ラボラトリー
藤間 淳 |
生命情報学の分野では様々なサービスがオープンな形で提供されており，その統合連携のための技術の重要性が増してきている．定型的なサービス連携に関してはサーバ側のAPI
の公開とプログラム開発によって可能でありマッシュアップ技術として利用されているが，一方でアドホックにそれらのサービスを連携する技術は未発達である．本発表では，Web上で提供されている様々なサービスを，北大で開発された知識メディア技術を用いてアドホックに再利用・再編集するためのフレームワークについて説明する．また，スプレッドシートを用いて知識メディア化されたWeb情報のオーケストレーション環境についても紹介する．
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| 16:00〜16:30 |
| Webサービスを利用したバイオインフォマティクスワークフローの自動生成を目指して |
理化学研究所
小長谷明彦 |
| Webサービスはバイオインフォマティクスツールおよびデータベース利用法として注目されているが、
ENDユーザーが利用するには敷居が高い。Webサービスの利用条件を３項関係を用いてオントロジー化することにより、
簡単なコマンド名および利用したいデータベース名からワークフローを自動生成する技術について紹介する。
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| 16:30〜17:00 |
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| 17:00〜17:30 |
| バイオデータベースソムリエシステムの構築 |
東京理科大学
宮崎 智 |
インターネット上に公開されてくる分子生物学関係のデータベース数は、指数関数的に増大している。研究成果報告だけでなく、研究資材としての再利用ができることが好ましい。一般的な利用者の行為を考えると、
１）利用するデータベースの決定あるいは精選
２）各データベースの検索手法の学習とキーワードの設定
３）取得したデータについてのフォーマット変換
の３工程である。１）の効率化を手助けするためにデータベースについての補助情報を整備し、データ検索から加工（フォーマット変換）までをプログラム処理にすることを目的に、メタ情報の収集を行っている。NARのデータベース特集号から有用なデータベースを選抜してインターネット上のアクセス用ページの網羅的な解析から、公開されているデータセット名とその検索パラメータの整理を行っている。このバイオメタデータベースシステムとその利用について報告する。
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| 17:30〜18:00 |
| 研究支援セマンティックWebサービスに向けた、文献からのバイオインフォ手法の収集・整理 |
三菱総合研究所
荒木 次郎 |
現在様々なバイオインフォマティクス解析ツールがAPIとして公開され、大量のデータを扱う解析作業者にとっては非常に便利になっている。また、個々の解析ツールやその組み合わせ方を熟知していれば、Tavernaのような統合化ツールを使って簡単にワークフローの作成、実行ができる環境も整っている。
しかしバイオインフォに精通していない生物学者にとっては、そもそもどのツールをどのように組合わせれば目的の解析を行うことができるかが分からず、相変わらず生命科学コミュニティ全体への普及の障壁となっている。
そこで我々は、ユーザへの解析手法ナビゲーションを目的として、ゲノム解読などの論文の中で実際に行われている解析手順をワークフローとして抽出し、それをタスクオントロジーとして整備し始めたので、これを紹介する。
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| 18:00〜18:10 |
| 閉会の辞 |
国立遺伝学研究所
生命情報・DDBJ選球センター
菅原秀明 |
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